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甲基化引物、非甲基化引物。Tm差异不能太大2。甲基化引物和非甲基化引物带有至少一个CpG序列,越多甲基化位点越好。随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物,如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段,则说明该位点存在甲基化。基因片段只有一个SmaⅠ(1)图1中DNA片段含有两个SmaⅠ酶切位点,被SmaⅠ酶完全切割后出现三个长度的片段,分别是537bp、790bp、661bp。

长久以来,PCR产物的高通量片段筛选是困扰科研工作者的大问题,该过程耗时耗力。S5un2和S3un2扩增出大约1。2kb的产物,用HincⅡ和MspⅠ进行双酶切;S5un3和S3un3扩增出大约1。4kb的产物,用BglⅡ和PstⅠ进行双酶切。MSP)用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变;随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。

DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鸟嘌呤(7-mG)。SSR(SimpleSequenceRepeat)是分子标记中的一种,它是利用DNA的中短串联重复序列进行基因组多态性分析的技术，SSR的特点是反应可重复性好、多态性高。热启动PCRTouch-downPCRRT-PCR兼并引物PCR巢氏PCR反向PCR不对称PCR原位PCR连接酶链反应RACE-PCRAFLP免疫-PCR(immuno-PCR。